המחלקה לרפואת משפחה שבחטיבה לבריאות בקהילה עוסקת בהוראה, מתן שירות לקהילה ומחקר.

מרבית שירותי הרפואה הראשונית בנגב מסופקים ע"י רופאי משפחה ורפואה כללית הקשורים למחלקה לרפואת המשפחה. הם משרתים אוכלוסייה מגוונת בערים, קיבוצים, מושבים והפזורה הבדואית, באמצעות יותר מ-20 מרפאות. שבע מתוך המרפאות הללו, המשרתות מעל 60,000 איש מוכרות ע"י הועדה המדעית של אר"י כמרפאות הוראה למתמחים ברפואת משפחה.

בין השאר, המחלקה אחראית לתכניות הבאות:

• תכנית התמחות ברפואה משפחתית בה משתתפים כ-50 רופאים מתמחים בכל שנה
• קורס ברפואת משפחה במסגרת לימודי שנה שישית בביה"ס לרפואה
• קורס לשנה השלישית בביה"ס לרפואה בינלאומית​
• קורסים שנתיים ללימודי המשך ברפואה שמטרתם שיפור רמת הרפואה המשפחתית בנגב

המחלקה מתגאה בהיקף ובאיכות פעילויות ההוראה שלה, החל בהכשרת מהגרים ואזרחים וותיקים למקצועות ייחודיים ברפואת משפחה ועד ללימודי המשך ברפואה לרופאי משפחה ורופאים כללים