מאפיין נוסף של מעל"י, ומה שהופך אותו במידה רבה לקהילת עמיתים לומדת, בא לידי ביטוי בשיתוף הפעולה המתקיים בין חוקרים וחוקרות בדרגות אקדמיות שונות – החל מתלמידי מחקר לתואר שלישי (דוקטורנטיות/ים), דרך עמיתי בתר-דוקטורט וחוקרים נלווים וכלה בחוקרים ותיקים ומנוסים. מעבדות המחקר מחולקות על בסיס נושאי בתחומים: העולם היהודי – מבטים מישראל; דוד בן-גוריון – מנהיגות ומחשבה פוליטית; אתוסים ציוניים בחינוך.
בשנים הבאות חותר מעל"י להרחיב את מעגלי השיח ואת הממשקים עם גופים אקדמיים וביצועיים בעלי תחומי עניין דומים. בכוונתנו לרתום אל השיח קובעי מדיניות מתחום החינוך, התרבות, העלייה והקליטה, הרווחה וכן ארגוני מגזר שלישי שעוסקים בשאלות ליבה המעסיקות את ישראל כיום. ממצאי המחקר האקדמי במעל"י יוצעו למובילי דעה וליזמים חברתיים ועסקיים כתשתית ידע לליבון ערוצי פעולה אפשריים וכמענה לאתגרים המעסיקים את המציאות הישראלית כיום.
מלבד תוצרי מחקר אשר רואים אור בבמות אקדמיות ישראליות ובין-לאומיות ומתפרסמים כמאמרים וכפרקים באסופות, תוצרי המעבדות כוללים גם קורסים אקדמיים המוצעים לסטודנטים בישראל ובעולם, כנסים וסדנאות חוקרים, פורומים לדיון ולליבון סוגיות שונות בחברה הישראלית, סמינרים מרוכזים לסטודנטים בין-לאומיים, הסכתים (פודקאסטים) ותמיכה במיזמים חלוציים בחקר ישראל.
אנו חותרים לכך ששילוב נקודות המבט של מכלול החוקרים במעבדה יקדם שיח מרחיב וכוללני על ישראל, שיח שיביא לידי ביטוי את הממדים המורכבים של המציאות הישראלית, את ריבוי גווניה של החברה הישראלית ואת השקפות העולם הדרות בה בכפיפה אחת.
לב הפעילות של מעל"י מתקיים בקריית אוניברסיטת בן-גוריון בשדה בוקר ולאחרונה, לנוכח מגפת הקורונה, גם באופן מקוון.