התוכנית מציעה שני מסלולים לתואר שני – מסלול מחקרי עם תזה ומסלול ללא תזה. נוסף עליהם קיימות אפשרויות להשלמת תזה, ללימודי צבירה, למעבר למסלול המשולב לדוקטורט וללימודי תואר שלישי, בהתאם לתנאי הקבלה ולתקנוני האוניברסיטה.
לצורך קבלת תואר שני בהנדסת אנרגיה נדרש הסטודנט להשלים בהצלחה 36 נקודות זכות, בהתאם לדרישות המסלול שבו הוא לומד. הזכאות לתואר שלישי מותנית בביצוע מחקר ברמה הראויה לעבודת דוקטורט ובהשלמת קורסים ודרישות אקדמיות כפי שייקבעו על ידי המנחה והוועדה המלווה.
מנחה לעבודת מחקר יהיה חבר סגל אקדמי בעל תואר דוקטור ומינוי מלא באוניברסיטת בן-גוריון בנגב, בהתאם לתקנון האוניברסיטה והפקולטה.
ככלל, מספר נקודות הזכות של קורס נקבע בהתאם להיקף ההוראה האקדמית שלו. לדוגמה, קורס הכולל שלוש שעות הוראה שבועיות במשך סמסטר מזכה בשלוש נקודות זכות.
