הלימודים בתוכנית להנדסת אנרגיה פתוחים בפני בוגרות ובוגרי תואר ראשון, שני, ושלישי במדעי ההנדסה, במדעי הטבע - ובהם כימיה ופיזיקה - וכן במדעי המחשב והמידע, ממוסד אקדמי מוכר בישראל או בחו״ל.

תנאי הסף לקבלה לתוכנית הם ציון ממוצע של 80 ומעלה בלימודי התואר הראשון/שני בהנדסה ודירוג במחצית העליונה של מחזורם (על פי אישור מדרג רשמי). ציון ממוצע 80 ומדרג בשליש העליון נדרשים מבוגרות ובוגרי מדעי הטבע. 

עם זאת, ועדת הקבלה בוחנת את נתוניו של כל מועמד באופן פרטני, תוך התייחסות לרקע האקדמי, לניסיון המקצועי ולמידת ההתאמה לתוכנית. תיקיהם של מועמדים בעלי ממוצע של 78 ומעלה, המדורגים במחצית העליונה של הכיתה, וכן של בוגרי תוכניות לימוד אחרות בעלי הישגים אקדמיים מתאימים, עוברים לדיון בוועדת חריגים.

מועמדים אשר ועדת הקבלה תתרשמה כי יש להם פוטנציאל להצליח בלימודים, נדרשים להשלים קורס אחד או שניים ברמת תואר ראשון לפני קבלתם כסטודנטים מן המניין לתואר השני. קורסי ההשלמה אינם נכללים במניין נקודות הזכות הנדרשות להשלמת התואר אך אינם מונעים לימודים לתואר במקביל.

ההחלטה הסופית בדבר קבלתם של מועמדים חריגים מתקבלת בוועדת החריגים של הפקולטה למדעי ההנדסה.