​האוניברסיטה מעניקה, באמצעות הפקולטות והמחלקות, מלגות שונות לתלמידי.ות מחקר בתארים מתקדמים (תואר שני מחקרי, תואר שלישי ובתר דוקטורט) ולתלמידי.ות תואר ראשון לקראת תואר שני, בכפוף לכללים האוניברסיטאיים ולהחלטת וועדת המלגות המחלקתית. מלגות אלו מגיעות מתקציבי הפקולטות והמחלקות. התנאים לזכאות וסכומי המלגות משתנים בין הפקולטות והמחלקות השונות. 

​בי"ס קרייטמן ללימודי מחקר מתקדמים מציע מגוון מלגות לדוקטורנטים.ות חדשים וותיקים ולבתר דוקטורנטים.ות. הזכייה במלגות היא על בסיס מצוינות אקדמית. קולות קוראים להגשה למלגות אלה מפורסמים באמצעות המחלקות האקדמיות. 

בנוסף למלגות מטעם אוניברסיטת בן-גוריון בנגב, מתפרסמים מעת לעת קולות קוראים להענקת מלגות לסטודנטים.ות על הצטיינות והישגים לימודים. למנוע חיפוש מלגות נוספות.

המשרד להוגנות מגדרית מעניק מבחר מלגות לנשים בתארים מתקדמים.

מלגות מתקציבי מחקר של המנחה ולפי שיקול דעתו.ה בכפוף לכללי המלגות האוניברסיטאי.

האוניברסיטה מעניקה למלגאיםות סיוע במימון נסיעה לכנס מדעי להצגת עבודת מחקר באמצעות קרן השתלמות מרכזית למלגאים.

המשרד להוגנות מגדרית מעניק סיוע ​במימון נסיעה של דוקטורנטיות לצורך חיפוש משרת פוסט-דוקטורט בחו"ל ויצירת קשרים לקראת פוסט-דוקטורט.