שנה ב'
הלימודים בשנה ב' מהווים פיתול שני של ה"ספירלה", ובו בזמן שנת גשר ומעבר לקראת הוראת המערכות. גם בשנה זו מבוססת תכנית הלימודים על אותן שלוש אבני יסוד: הוראת מדעי היסוד, לימודים קליניים ובריאות הציבור.
במרכז הוראת מדעי היסוד עומדת קבוצת המקצועות הכוללת ביוכימיה, ביולוגיה מולקולרית, ביולוגיה של התא, פיזיולוגיה כללית ואלקטרופיזיולוגיה ואימונולוגיה בסמסטר א'. מקצועות אלה נבנים על הידע שנרכש בשנה א' בקורס הפיסיולוגיה והביוכימיה ומהווים מבוא להוראת המערכות. בנוסף לכך, לומד הסטודנט בסמסטר ב' קורסי מבוא למיקורוביולוגיה, פרזיטלוגיה, וירולוגיה, גנטיקה , פרמקולוגיה ונוירופיזיולוגיה. קורסי מבוא אלו נועדו לאפשר רכישת מושגי יסוד של המקצוע, דרכי חשיבה, החקר והשפה הספציפיים שלו.
באופן כזה מעבירה שנה ב' את הסטודנט בהדרגה ממדעי הטבע אל הרפואה הקלינית ומכינה אותו להתמודד עם כל הדיסציפלינות של מדעי היסוד שתהיינה מיוצגות בו זמנית בכל אחת מהמערכות מתחילת שנה ג'.
שנה ג'
מסגרת הלימודים בשנה ג' היא למידה אינטגרטיבית של מערכות הגוף. בשנה זו כלולות המערכות ההמטולוגיה הקרדיו-וסקולרית, הרספירטורית, הגסטרואנטרולוגית, הנפרולוגית, המוסקולו-סקליטלית והאנדוקרינית. בין המערכות משולבות ארבע תקופות של הוראת אנטומיה: בית חזה לפני מערכות הלב והריאות; בטן ואגן לפני מערכות העיכול וההפרשה ורביה; גפיים לפני מערכת התנועה; וראש צוואר.
המערכות מאורגנות על פי נושאי הוראה ולא לפי מקצועות. בכל נושא נלמדים מקצועות היסוד הרפואיים הרלוונטיים לנושא, כשהם כוללים מקרים קליניים ומודלים של מחלות למשל: במערכות ההמטולוגית מוקדש זמן לתא האדום, כולל פיסיולוגיה וביוכימיה קלינית, היסטולוגיה, בהקשר לאנמיות תורשתיות, פרמקולוגיה בהקשר לטיפול באנמיות, וכדומה;
כן מוקדש זמן לתא הלבן והוא כולל, בנוסף למקצועות המתוארים, גם פתולוגיה של לוקמיות ופרמקולוגיה של הטיפול בהן; בסיום מוקדש זמן לקרישה וללימפומות. דוגמה אחרת היא מערכת הקרדיו-וסקולרית הכוללת התייחסות ללב כאבר חשמלי, כולל פיסיולוגיה, אק"ג, תרופות ארתמיות ותרופות אנטי-ארתמיות. בהמשך התייחסות ללב כאבר מכני כולל היסטולוגיה של שריר, פתולוגיה של מחלות מסתמים ואי-ספיקת לב וטיפול בה; שבוע שלישי להוראת הלב כולל טרשת העורקים ולאוטם שריר הלב, האפידמיולוגיה והפסיכולוגיה הקשורות בהם.
במסגרת המערכות משולבים מספר רב של מודלים של מחלות, המייצגות קבוצות של מחלות או תופעות אשר לגביהן לומד הסטודנט גם את המהלך הטבעי של המחלה, הטיפול והשיקום בנוסף לפתולוגיה, פרמקולוגיה מיקרוביולוגיה וכדומה.
ההערכה בשנה ג' היא על-ידי בחינה בסוף כל מערכת וכל פרק באנטומיה, הכוללת שאלות מכל התחומים שנלמדו.
שנים ד'-ו', קליניקה
ההוראה הקלינית הפורמלית (clerkship) מתחילה בסבבים מאמצע השנה הרביעית. במהלך שנים אלו צפוי הסטודנט לעבור סבבים ברפואה פנימית, כירורגיה, פדיאטריה, גינקולוגיה, פסיכיאטריה, רפואת משפחה, וכן סבבים קצרים בתת-התמחויות כירורגיות ופנימיות. סבב רפואה פנימית ופדיאטריה יתבצע פעמיים, במהלך שנה רביעית וכן במהלך שנה שישית. במהלך השנה השישית צפויים הסטודנטים לשאת בחלק מתפקידי הסטאז'ר, עם מעט פחות חופש פעולה.
הסבבים יבוצעו במחלקות בתי חולים, מרפאות חוץ וכן מרפאות בקהילה, כשמתוך 84 שבועות הוראה קלינית, 21 מתוכם (25%) יתבצעו בקהילה.
בנוסף, על כל סטודנט בשנה ו' להשלים לימודי בחירה ("אלקטיב") בהיקף של לא פחות מ –5 שבועות. לימודי הבחירה לסטודנטים בשנה ו' נועדו להשלים בתכניהם ובהיקפם את לימודי החובה.
רשימת נושאים לאלקטיב המאושרים על ידי בית הספר לרפואה מופיעים בספר האלקטיב.