תוכנית אלפא מיועדת לתלמידות ותלמידי תיכון מצטיינים המעוניינים להשתלב בחקר אקדמי ולהעמיק בתחומי המדע והטכנולוגיה. המיונים לתוכנית נערכים בכיתה ט' ומיועדים לתלמידים בעלי יכולות אינטלקטואליות גבוהות, חשיבה יצירתית, סקרנות מדעית ויכולת למידה עצמאית. המשתתפים בתוכנית זוכים לליווי אישי ממנחים אקדמיים, ומבצעים עבודת מחקר באוניברסיטאות המובילות בארץ. במסגרת התוכנית, המשתתפים נדרשים להפגין התמדה, רצינות ומעורבות פעילה, ולשלב בין דרישות התוכנית ללימודיהם בבית הספר. התוכנית כוללת גם סדנאות מקצועיות ומחנות עם לינה במהלך החופשות, שמטרתם להעמיק את הידע ולחזק את הקשר בין המשתתפים לעולם המחקר המדעי.
אלפא היא תוכנית לתלמידות ותלמידים מחוננים ומצטיינים בחינוך העל יסודי (בוגרי כיתות ט') המאפשרת למשתתפיה להשתלב בעולם המחקר המדעי העכשווי. התוכנית גובשה במטרה לספק את הצרכים הייחודיים של תלמידות ותלמידים מחוננים ומצטיינים תוך כדי העשרת עולם הידע המדעי שלהם, חשיפתם למחקר מדעי ברמה גבוהה והקניית הכישורים הנדרשים לגיבוש מחקר מדעי עצמאי ועבודת מחקר ברמה אקדמית. התפיסה העומדת בבסיס התוכנית היא להציע חוויה אינטלקטואלית משמעותית, בשילוב עם פעילות חברתית (כולל תמיכה רגשית) בין תלמידות ותלמידים מכל רחבי הארץ, במטרה לאפשר להם להתפתח בו-זמנית בשני כיוונים אלו.
במסגרת התוכנית התלמידות והתלמידים כותבים עבודת מחקר בהיקף 5 יחידות לימוד, ברמה אקדמית. העבודה נרשמת בתעודת הבגרות כ-5 יחידות נוספות מעבר ליחידות החובה. ההשתתפות בתוכנית מסובסדת במלואה ואינה כרוכה בתשלום.