הפקולטה למדעי ההנדסה החלה את פעילותה באוניברסיטת בן גוריון בנגב בשנה"ל תשכ"ז בלימודי תואר שני במחלקות להנדסה כימית ולהנדסת מכונות. לימודים לתארים גבוהים בפקולטה היוו אבן יסוד של האוניברסיטה.
הפקולטה למדעי ההנדסה התפתחה, ביססה את מעמדה האקדמי וחיזקה את קשריה עם התעשייה באזור ותרמה תרומה רבה בתחומי ההוראה והמחקר ובייעוץ לענפי התעשייה בארץ.
הפקולטה למדעי ההנדסה מעניקה תואר ראשון, תואר שני ותואר שלישי.