עם הקמת האוניברסיטה ב- 1970 הפך המכון להיות "המכון למחקר שימושי" של אוניברסיטת בן-גוריון בנגב (הליכי ההעברה הרשמיים הסתיימו רק ב- 1973 !).

מאוחר יותר הוא הפך להיות "המכונים למחקר שימושי של האוניברסיטה".  חלק גדול מחוקרי "המכון לחקר הנגב" הפכו להיות חברי סגל במחלקות השונות של האוניברסיטה וחלק נשאר כחוקרים ב"מכונים למחקר שימושי".

במחלקה לביולוגיה (כיום מדעי החיים), מתוך 22 אנשי סגל ב- 1970, 20 היו חוקרי "המכון לחקר הנגב".

המחקרים ב"מכונים למחקר שימושי" היו ברוח המחקרים שהיו ב"מכון לחקר הנגב" כאשר המטרה היא לפתח יידע שיאפשר לאנשי הנגב לחיות בנגב ברמת חיים גבוהה, שתמשוך אנשים נוספים להתיישב בנגב.

היו במכונים שתי יחידות, "מכון לחקלאות ולביולוגיה שימושית" ו "מכון לכימיה שימושית".  שני מכונים אלו פיתחו יידע שהיווה בסיס לחקלאות ייחודית ומתוחכמת כמו למשל חקלאות על מים מלוחים, ותעשיות חדשות שסיפקו עבודה מכובדת לתושבי הנגב.

ב-1997 הוקם מכון שלישי במכונים "המכון למחקר יישומי במדעי החיים"  אשר על בסיסו הוקם "המכון הלאומי לביוטכנולוגיה". בשנת 2006 החליטה הנהלת האוניברסיטה לסגור את ה"מכונים למחקר שימושי" ולהעביר את אנשי הסגל למחלקות שונות באוניברסיטה.